El protocolo notarial en papel es la colección ordenada de las escrituras matrices autorizadas en un año por cada notario. El Reglamento Notarial indica cómo tienen que ser los tomos en los que se conserva, «el grueso del libro va metido en una caja de cartón para evitar que le entre polvo y las cubiertas y correas con las que va atado son de piel, como marca la regulación», explica la notaria y portavoz del Consejo General del Notariado, María Teresa Barea. «Al final del año el notario tiene todo lo que ha firmado en 20 o 30 tomos encuadernados y ese es su protocolo anual». Este protocolo, de carácter confidencial, se formaliza y conserva, inicialmente, en la plaza notarial correspondiente y es custodiado por el notario titular de cada plaza, que no se lo lleva en caso de traslado pues el protocolo pertenece al Estado. Los notarios los conservan, con arreglo a las leyes, como archiveros de los mismos y bajo su responsabilidad.

Desde que entró el 9 de noviembre la ley y los notarios comiencen a utilizar el protocolo electrónico, este «será un reflejo idéntico del protocolo en papel. Es decir, de cada escritura solo habrá una matriz que tendrá un doble soporte (en papel y digital)», señala Barea. La escritura en papel será conservada en la notaría y su versión digital se enviará al Consejo General del Notariado en formato PDF, encriptado, junto a una ficha en formato XML con los datos de ese documento extractados. Tendrán acceso a ese protocolo tanto el notario titular, bajo su clave, como los empleados que éste designe a efectos, por ejemplo, de expedición de copias. Los ficheros relativos al protocolo en soporte electrónico serán remitidos, transcurridos veinticinco años desde la autorización o intervención de la escritura matriz, acta o póliza, a los Archivos Generales de Protocolos de cada colegio notarial.

Gracias al protocolo electrónico los notarios podrán entregar copias electrónicas autorizadas de los documentos notariales a los ciudadanos y empresas, con el consiguiente ahorro de papel y desplazamientos.

Con fecha 9 de noviembre de 2023 entraron en vigor las medidas incluidas en la Ley 11/2023 que permiten crear el protocolo electrónico notarial, lo que agilizará el intercambio de información y generará de forma casi inmediata millones de copias electrónicas de los documentos notariales.

La ley también permite por primera vez en la historia que los ciudadanos y las empresas
dispongan de copias electrónicas de sus documentos notariales y que puedan
intercambiárselas o enviarlas a los organismos que se las soliciten, con el consiguiente
ahorro de tiempo y papel.

Los ciudadanos podrán elegir por vía online al notario que prefieran, localizar al que
tenga los originales de sus escrituras y pedirle copias, mantener con él video
conferencias seguras, y consultar e intercambiar documentación previa a la firma de la
escritura pública.

Los notarios también podrán prestar íntegramente algunos servicios notariales,a través del Portal Notarial del Ciudadano, fundamentalmente de carácter mercantil, como la constitución de sociedades online (como respuesta a la exigencia de la Unión Europea,  plasmada en la Directiva 2019/1151, de permitir que cualquier ciudadano pueda constituir una sociedad limitada en otro país miembro sin necesidad de presencia física), las  pólizas mercantiles y todos los actos societarios, así como determinados actos unilaterales como algunos tipos de poderes, las cartas de pago, las declaraciones de obra nueva y la división horizontal que no implique extinción de condominio, testamentos en situación de epidemia y, si el notario lo considera conveniente, actos de conciliación. Para que esos servicios se puedan realizar de forma online el notario requiere de la existencia del protocolo electrónico, que convivirá con el protocolo notarial en papel.

La videoconferencia notarial podrá agilizar trámites societarios de urgencia para las
empresas, o resolver situaciones societarias en las que es difícil reunir presencialmente a
todas las personas que habrían de estar. Por ejemplo, para ampliaciones de capital,
nombramiento de administradores, cambios de domicilio de sociedades, actas de junta
general…

Todos estos servicios se prestarán en la , creada por los
notarios en 2004. Un espacio dotado de las mayores medidas de seguridad que ha
obtenido el Esquema Nacional de Seguridad (ENS), nivel alto, del que solo disponen
contadísimos organismos.